Az internetes támadások elleni fellépés akkor a leghatásosabb, ha az informatikai biztonsággal foglalkozó szervezetek és a megtámadott szervezetek együttesen, tevékenységeiket koordinálva működnek. A Nemzeti Hálózatbiztonsági Központ kormányzati jellegének köszönhetően egyben nemzeti koordinációs pontként is működik, amelynek alapját civil, kormányzati és üzleti szervezetekkel kötött együttműködési megállapodások jelentik. Az együttműködési megállapodásban a felek vállalják, hogy a kormányzati információs rendszerek és a hazai kritikus információs infrastruktúrák hálózatbiztonsági védelme érdekében együttműködnek.

A Nemzeti Hálózatbiztonsági Központ nyitott minden olyan civil, akadémiai, kormányzati és üzleti szervezettel együttműködési megállapodást kötni, akik fontosnak érzik a magyarországi hálózatbiztonság növelését és hajlandóak is tenni érte.

A Nemzeti Hálózatbiztonsági Központ a következő szervezetekkel működik együtt:

• NT Nonprofit Közhasznú Kft.
• NETI Informatikai Tanácsadó Kft.
• Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem (BME) INFORMATIKAI KÖZPONT
• MTA SZTAKI, HUN-CERT
• Nemzeti Hírközlési Hatóság
• Nemzeti Nyomozó Iroda
• Magyar Tartalomipari Szövetség
• ISACA Információrendszer Ellenőrök Egyesülete Magyar Tagozata
• Szabad Szoftver Intézet
• Magyar Államvasutak Zrt.
• INFOMEDIÁTOR
• Pénzügyi Szervezetek Állami Felügyelete
• Szervatius Jenő Általános Iskola
• Magyar Posta Zrt.
• VirusBuster Kft.
• Budapesti Művelődési Központ
• 4kids Meseportál Kft.
• "Biztonságos Böngészés Program"
• Hírközlési és Informatikai Tudományos Egyesület (HTE)
• Nemzeti Információs Infrastruktúra Fejlesztési Intézet (NIIF)
• KOPINT-DATORG Infokommunikációs Zrt.
• NETvisor Informatikai és Kommunikációs Zrt.
• Közigazgatási és Elektronikus Közszolgáltatások Központi Hivatala
• INFOBIZ Informatikai, Információ-biztonsági és Vezetési Tanácsadó Kft.

• eSec.hu konzorcium (Balabit Kft. Virusbuster Kft. eGroup Kft., Kürt Zrt.)
• Magyar Bankszövetség
• Információs Társadalomért Alapítvány
• Saferinternet Konzorcium (Nemzetközi Gyermekmentő Szolgálat, Kék Vonal Gyermekkrízis Alapítvány, Magyar Tartalomipari Szövetség)